本作では、2002年に発売された『ポケットモンスター ルビー・サファイア』では明かされなかった、ホウエン地方にまつわる新たな物語『エピソード デルタ』が展開される。
ここで語られるのは、3000年の古より紡がれるホウエン地方の歴史、そして遂に明らかになる「メガシンカ」の謎。宿命を背負った女性「ヒガナ」をはじめ、マグマ団／アクア団やダイゴ、ジムリーダーのミクリなど、さまざまな人物が登場し、波乱に満ちたストーリーを繰り広げるぞ。伝説のポケモン「レックウザ」と「デオキシス」による激しいバトルも、見どころだ！
巨大隕石が接近！
ロケット開発をはじめとした宇宙に関するさまざまな研究を行っている、トクサネ宇宙センター。
カガリ／ウシオのたくらみ
隕石が迫る中、マグマ団／アクア団にも新たな動きが。
幹部のカガリ／ウシオがポケモンをメガシンカさせるために必要なキーストーンを狙って、トレーナーを襲っているようだ。
激突！ メガレックウザ VS デオキシス！
主人公の前に突如現れたレックウザ。
伝説のポケモンであるレックウザは、その特異な生態から、ほかのポケモンたちとは異なる特殊な方法で、メガシンカを遂げると言われている。
