本作の舞台ホウエン地方には、相反する目的を持つ2大組織、「マグマ団」と「アクア団」が登場。両組織の目的は、「マグマ団」は「陸を広げること」、一方「アクア団」は「海を広げること」で、彼らは対立した関係にあるのだ！

『ポケットモンスター オメガルビー』では「マグマ団」が、『ポケットモンスター アルファサファイア』では「アクア団」が、それぞれの目的を果たすべく勢力を拡大し、主人公の前に立ちはだかるぞ！

異なる2つの物語、そしてかつてない壮大な冒険は、これまでのシリーズにはなかった、本作の大きな特徴と魅力！
友だちや家族・きょうだいで、それぞれ片方をプレイするのも良し。1人で両方をプレイするのも良し。選ぶ楽しみも、遊ぶ楽しみも2倍だ！