主人公は冒険の中で、『ポケットモンスター オメガルビー』ではマグマ団、『ポケットモンスター アルファサファイア』ではアクア団と対峙していくことになる。彼らの目的は何なのだろうか？
マグマ団の目的
人類のさらなる進化・発展を目的として、その活動領域を増やすために大地を広げようと企む組織。
人類の発展こそが世界全体の幸せにつながると信じており、人類とポケモンの共存は、その発展を遅らせる馬鹿げたことと考えている。
アクア団の目的
人間の欲によって失われたポケモンの居場所を取り戻すことを目的として、海を広げようと企む組織。
海はすべての生命の源であり、それを取り戻すことによって、ポケモンたちの理想郷を再び築けると考えている。
