「プレイナビ」には『ポケットモンスター Ｘ・Ｙ』にも登場した３つの機能が搭載されていて、バトルやイベントなどの特定のシーンを除けば、いつでもニンテンドー3DSの下画面から選ぶことができる。
通信で遊ぶ！ 「PSS」
「プレイヤーサーチシステム」通称「PSS」を使うことで、近くにいるプレイヤーだけでなく、世界中にいる遠くのプレイヤーたちとポケモンの交換や対戦が楽しめる！
他にもＯパワーやホロキャスターなど、通信を使って、さまざまなことができるぞ。
ポケモンと遊ぶ！ 「ポケパルレ」
ニンテンドー3DSのタッチスクリーンを使って、ポケモンといっしょに遊んだり、なでてあげたり、お菓子の「ポフレ」をあげたりすることができる。ポケモンたちをかわいがって、仲良くなろう！
ポケモンを鍛える！ 「スパトレ」
ポケモンを鍛え上げることができる。鍛えたポケモンたちはバトルで大活躍間違いなし！
ニンテンドー3DSの機能を活かした奥行きのある映像で、迫力あるタッチアクションなどが楽しめる。
