メインストーリーのクライマックスで、主人公たちの邪魔をさせないために、未来からの刺客であるヨノワールを道連れに未来へと帰って行ったジュプトル。
主人公たちの活躍で未来が変わることにより、未来のポケモンであるジュプトルは消滅してしまったのか……!?
実は、ジュプトルが戻った未来では、想像を絶する大冒険がくり広げられていたのだ!!
未来に戻ったジュプトルとヨノワールに、ヤミラミが襲いかかってきた！
仲間であるはずのヨノワールまで襲うとは、いったい……!?
主人公とジュプトルの始末に失敗したヨノワールを、闇のディアルガは見捨てたというのか!?
真実を知るべく、ヨノワールはジュプトルとともに行動する！
ジュプトルとヨノワールが協力してダンジョンに挑むという、まさかの展開が!!
ヨノワールの失敗により未来を変えられることを阻止するため、闇のディアルガは、ついに自ら動き出した！
ジュプトルはこれを食い止めるために、そしてヨノワールはディアルガから真実を聞き出すために──ジュプトルとヨノワールという夢のタッグによる、最後の戦いが始まる!!
ジュプトルとヨノワールは、闇のディアルガのもとにたどり着くことができるのか!?
