晴れて正式なレンジャーとなった主人公が初めて受ける正式なミッションは、フォルシティまでシンバラ教授を護衛することだ！ ライラの森を越え、クロッカトンネルを抜けてフォルシティをめざす。はたして無事にミッションをクリアすることはできるのか!?

シンバラ教授をフォルシティまで無事に送り届けた主人公だったが、フォルシティのレンジャーたちは、スーパー・スタイラーを奪った「ゴーゴー団」を調査するため、街からいなくなってしまう。フォルシティのレンジャーが留守のあいだ、主人公には困っている街の人たちを助けるミッションを与えられるぞ。

ライラの森の奥深くで、ウツドンに押し回されて迷子になってしまったおじいさんを救出するミッション与えられるぞ！ようやく探し出したおじいさんは、ブツブツと文句ばかり言っているのだが……。

古くからレンジャーの腕試しの場所となっている遺跡には、「4つの試練をクリアすると災いが起こる」という言い伝えがあった！「みずのしれん」「かぜのしれん」「はかいのしれん」、そして4つめの試練とはいったい……!?

突然起こった地震と火山の噴火の原因を突き止めるために、遺跡へ向かう主人公。「ゴーゴー団」の妨害をはねのけながら進んでいくと、遺跡の奥では、「ゴーゴー団」にキャプチャされたエンテイが！ このまま放っておくと、火山は大爆発を起こしてフィオレ地方は大変なことになってしまう！

シンバラ教授が奪われたスーパー・スタイラーを取りもどすべく、シクラ山脈の頂上にあるという「ゴーゴー団」のアジトへ向かう主人公。いろいろなしかけや、「ゴーゴー団」幹部4兄弟との対決など、次々と敵が挑んでくる史上最強のミッションをはたしてクリアできるのか!?

思いのままに炎を呼び出し自在にあやつり、強力な火炎を放つ伝説のポケモン「エンテイ」に続いて、「スイクン」「ライコウ」も登場！ 分身してすばやく動くので、本当の姿を見たものはいないと言われるスイクンと、電気を身にまとい、すばやく動きながら雷を落とすというライコウ。どのポケモンも強力な攻撃を繰り出すぞ！