主人公は、ポケモンになったキミ
『ポケモン不思議のダンジョン ～マグナゲートと∞迷宮（むげんだいめいきゅう）～』は、主人公がポケモンになってしまうところから冒険が始まる。ポケモンになってしまった主人公は、最初に話しかけてくれたポケモンとパートナーを組んで、さまざまな冒険やドラマをともにしていくことになるぞ！
主人公とパートナーは、候補となるポケモンから選ぶことができる。好きなポケモンを選んで、自分だけの冒険を始めよう！
主人公、パートナーとなるポケモンたち！
ピカチュウ
ツタージャ
ポカブ
ミジュマル
キバゴ
冒険のはじまり！
ある日、主人公は不思議な夢を見る。夢の中では、誰かが呼びかける声が聞こえてくるが・・・。
そして、気がついた時には、自分の姿がポケモンになってしまっていた!? そして、この謎の声に導かれるように、ポケモンたちだけの世界へ迷い込み、いつの間にか、ポケモンたちと話ができるようになっていた！
（１）ある日、主人公は不思議な夢の中で、「ポケモンの世界を助けてほしいのです」という声を聞く。
（２）ぼんやりと見えるのは、自分の姿？
（３）気がつくと、自分の姿がポケモンに・・・
（４）そして謎の声に導かれるように、ポケモンたちの世界へ・・・
（５）主人公に話しかけてくるポケモンが。ポケモンと話ができるようになっている！
