ついに語られるN(エヌ)の過去!
ポケモンリーグのチャンピオンを倒し、殿堂入りを果たすと、かつてNが過ごしていた「Nの城」を訪れることができるぞ。「Nの城」の中では、ゲーチスとの戦いのあと姿を消した、Nとの再会が待っている! Nは自分の過去について語ったあと、主人公を伝説のドラゴンポケモンのもとへと、導いてくれる。
2年前、ポケモンリーグを取り囲み、制圧した「Nの城」。今は、どこにあるのだろうか。
廃墟となった城の中では、Nが主人公を待っていた。
ポケモンの声が聞こえるが故に、プラズマ団の王となったN。謎に包まれたNの過去が、今、明らかになる。
「リュウラセンの塔」へ向かえというN。Nの理想と真実を知った主人公を待ち受けているものとは・・・!