『ポケットモンスター クリスタルバージョン』は、『ポケットモンスター 金・銀』の別バージョン。ストーリーは『ポケットモンスター 金・銀』とほぼ同じだが、主人公に女の子が選べたり、謎の青年・ミナキが登場したり、ポケモンの動きがアニメーションで表示されたり、いろいろなところがパワーアップしているのだ！

『ポケットモンスター クリスタルバージョン』で集められるポケモンは、ぜんぶで249種類。ただし『ポケットモンスター クリスタルバージョン』には登場しない種類もいるので、『ポケットモンスター 金・銀』や『ポケットモンスター 赤・緑・青・ピカチュウ』を持っている友だちと、交換しながら集めていこう！