前往各幫班的基地挑戰時，成群的手下們會陸續派出寶可夢來阻擋主角的去路。若能在限制時間內大量打倒手下的寶可夢們，就能與老大一決勝負。活用自本作登場的便利新功能「自主對戰」，接連不斷地打倒手下們的寶可夢吧。
當主角搞定和手下們怒濤般的對戰後，老大就會乘著改造車「天星隊車」出現。在和老大的寶可夢對戰中，「天星隊車」會干擾對戰的進行。擊敗老大的同行寶可夢和天星隊車，打倒所有的老大吧。
