系列首次由
宝可梦与训练家一起
即时行动的战斗

《宝可梦传说 Z-A》的战斗与以往的《宝可梦》系列不同，宝可梦不再是1回合行动1次，而是与训练家一起移动，同时根据训练家的指示使出招式。
除了属性相克，还有宝可梦的替换、招式选择的时机、招式的范围以及释放的速度等全新游戏机制，都为本作增添了前所未有的战斗乐趣，而这也是本作的精髓所在。