掌握故事關鍵的寶可夢「阿爾宙斯」究竟藏有什麼謎？

據說世界萬物皆由牠所創的創造寶可夢「阿爾宙斯」。
主角將一邊和金剛隊的剛石及珍珠隊的珠貝互動，一邊進行洗翠地區的調查，藉此逐步接近阿爾宙斯的謎團。
圍繞著阿爾宙斯的秘密似乎就藏在洗翠地區高聳的「天冠山」。主角一行人究竟能不能找到真相呢……？

天冠山頂的上空有一部分出現龜裂，顏色也變得和一般的天空不同。洗翠地區的人們稱之為「時空裂縫」，視其為一種無法理解的現象並且感到恐懼。造成這個現象的原因好像和某隻寶可夢的力量有關。

天冠山的山頂有座許久以前建造的宏偉神殿，神殿裡美麗地擺放著受到神秘庇佑的特別的寶可夢「王」和「女王」的雕像。天冠山的山頂高聳入雲，只有成功穿越艱險路途的人才能到達。和夥伴寶可夢們多加鍛鍊，前去親眼見證吧。