主角受研究寶可夢的權威山梨博士託付，從他那裡得到了寶可夢圖鑑。寶可夢圖鑑能記錄下成為夥伴的寶可夢的資料，若要完成這個圖鑑，便得邂逅許許多多的寶可夢。為了邂逅棲息在神奧地區內各地的各種寶可夢，出發前往冒險吧！