「地下大洞窟」裡有些牆壁可以使用鎬子和鎚子來挖掘。在挖掘的過程中能獲得有助於冒險的道具以及貴重的寶可夢化石，而且，在本作還能新找到寶可夢的石像。
挖掘出來的道具會在神奧地區的冒險派上用場，復原寶可夢的化石能讓寶可夢成為夥伴，寶可夢的石像則能夠作為收藏。牆壁可挖掘的次數有限，過度挖掘將導致牆壁崩塌，所以請謹慎地找出寶物的位置，多多挖掘出寶物吧！