在“地下大洞窟”里使用道具“挖洞钻”，就能在墙壁中建造出“秘密基地”。你可以在“秘密基地”内自由地摆设在挖掘化石时挖到的“宝可梦的石像”，并随个人喜好布置。
在“秘密基地”内摆设“宝可梦的石像”的话，聚集到宝可梦秘巢的宝可梦似乎会有所变化。此外，也有一部分“宝可梦的石像”是用不同于一般的材料制成，因而特别珍贵。所以多多挖掘化石来收集石像吧！