“地下大洞窟”里有些墙壁可以使用鹤嘴锄和榔头来挖掘。在挖掘的过程中能获得有助于冒险的道具以及贵重的宝可梦化石，而且，在本作还能新找到宝可梦的石像。
挖掘出来的道具会在神奥地区的冒险派上用场，复原宝可梦的化石能让宝可梦成为伙伴，宝可梦的石像则能够作为收藏。墙壁可挖掘的次数有限，过度挖掘将导致墙壁崩塌，所以请谨慎地找出宝物的位置，多多挖掘出宝物吧！