主人公は、ポケモン研究の権威であるナナカマド博士から、ポケモン図鑑を託される。ポケモン図鑑は仲間にしたポケモンの情報を記録することができ、完成させるためには、たくさんのポケモンと出会う必要がある。シンオウ地方の各地に生息するさまざまなポケモンと出会うため、冒険に出かけよう！