さらに、通常のシングルバトルもしくはダブルバトルである条件を達成すると、さらなる強敵たちが待ち受ける「マスタークラス」に挑戦できるようになる。マスタークラスでは、シンオウ地方各地のジムリーダーなども登場し、勝ち続けることで「きんのおうかん」や「とくせいカプセル」などの珍しい道具も手に入るぞ！ さらに、マスタークラスのダブルバトルでは、ジムリーダーや四天王などがタッグを組んで登場することもあるようだ。強敵たちを撃破し、最強のポケモントレーナーを目指そう！