主人公とパートナーは、世界地図を作るという夢をかなえるために、おだやか村を旅立ち、ワイワイタウンにあるポケモン調査団に入る。主人公たちは、ここで知り合った個性豊かな団員たちと、世界中を冒険していくよ!
ポケモン調査団とは、ワイワイタウンを拠点として世界中をまわり、未だ見ぬ場所やポケモンを発見したり、謎を調査したり、その冒険を記録して世界地図を作ったりしている組織。そこにいるのは、腕は立つけれど一癖も二癖もある、個性豊かな団員たちだよ!
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