『ポケモン超不思議のダンジョン』は、主人公がポケモンの子どもになってしまったところから、冒険が始まるよ。
そして、パートナーと出会い、いっしょにさまざまなダンジョンを巡り、世界を旅する中で、どんな友情を育んでいくのだろうか？　ワクワクが止まらない！

広大な世界のありとあらゆるところを巡り、世界地図を作ったり、困っているポケモンを助けたり、世界の謎を解き明かしたりすることを目的とした組織、「ポケモン調査団」。ポケモン調査団は、その目的のため、日夜「不思議のダンジョン」を冒険しているのだ！

パートナーは、「おだやか村」という小さな村で暮らす子どもで、村の外の世界に、大きなあこがれを持っている。いつか、村の外に飛び出してポケモン調査団に入り、世界地図を作るために世界中を巡る。それが、パートナーの夢なのだ！

「なぜ、ポケモンの子どもになったのか？」という謎を持ちつつも、夢に向かって毎日楽しく過ごしている、主人公とパートナー。
しかし世界では、ポケモンたちが石にされていくという、恐ろしい出来事が起きているようだ!!　ほかのポケモンたちよりもはるかに強大な力を持つ、伝説・幻のポケモンたち。そんな彼らまでも石に変えているのは、いったい何者なのか？　平和な世界に少しずつ、大きな危機が近づいているようだ……。

冒険は、やがて、ポケモンたちの暮らす星すべてを守るための戦いへと、舞台を移していく。その中で、世界中を巡ることを夢見る子どもだった主人公とパートナーが、どのように成長していくのか？　伝説・幻のポケモンたちとの、どんな出会いが待っているのか？
『ポケモン超不思議のダンジョン』で繰り広げられる、かつてないスケールの物語をお楽しみに！